Theo quy định tại Thông tư 26/2015/TT-BTC ngày 27-2-2015 của Bộ Tài chính: Phân bón là các loại phân hữu cơ và vô cơ… thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Vướng mắc phát sinh trên thực tế hiện nay, là mặt hàng nguyên liệu sản xuất phân bón, như: Potassium Humate, nằm trong danh mục phân bón được phép sản xuất, kinh doanh tại Việt Nam có thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT?

Theo phân tích của Cục Hải quan TP.HCM, theo khái niệm quy định tại Thông tư 26, chỉ có mặt hàng phân bón mới không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, còn mặt hàng nguyên liệu sản xuất phân bón vẫn thuộc đối tượng phải chịu thuế GTGT ở khâu nhập khẩu. Chính vì thế, hiện nay các chi cục hải quan cửa khẩu- Cục Hải quan TP.HCM đã tính thuế GTGT đối với mặt hàng nguyên liệu sản xuất phân bón Potassium Humate.

Với cách tính thuế trên, các doanh nghiệp cho rằng chưa phù hợp. Vì căn cứ Luật sửa đổi một số điều của các Luật về thuế và công văn hướng dẫn của Bộ Tài chính, một số mặt hàng phân bón không chịu thuế GTGT từ khâu nhập khẩu đến khâu sản xuất, thương mại bán ra.

Như vậy, các doanh nghiệp cho rằng, nếu nguyên liệu sản xuất phân bón chịu thuế GTGT tại khâu nhập khẩu thì sau khi doanh nghiệp sản xuất và bán sản phẩm phân bón được sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu sẽ không thể kê khai thuế GTGT đầu ra tại cơ quan Thuế địa phương đối với phần nguyên liệu đã nộp thuế.

Từ thực tế trên, để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp, Cục Hải quan TP.HCM cho rằng, nên xếp nhóm mặt hàng nguyên liệu sản xuất phân bón thuộc danh mục phân bón được phép sản xuất và kinh doanh tại Việt Nam theo Nghị định 202/2013/NĐ-CP ngày 27-11-2013 của Chính phủ vào nhóm mặt hàng phân bón và không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.

Để thống nhất thực hiện, Cục Hải quan TP.HCM đã báo và xin ý kiến chỉ đạo của Tổng cục Hải quan.