Tổng cục Thuế yêu cầu trong quá trình thanh, kiểm tra các cơ sở kinh doanh này, cơ quan Thuế cần chú ý kiểm tra, đối chiếu về hàng hóa như: Hợp đồng mua bán hàng hóa, hình thức giao nhận hàng hóa, địa điểm giao nhận, phương tiện vận chuyển, chi phí vận chuyển, tính hợp pháp của hóa đơn mua bán hàng hóa, thủ tục xuất hàng... Ngoài ra, cơ quan Thuế kiểm tra đối chiếu về thanh toán như: Ngân hàng giao dịch, đối tượng nộp tiền vào tài khoản để giao dịch, số lần thực hiện giao dịch, chứng từ thanh toán...

"Đối với cơ sở kinh doanh có hoạt động sản xuất phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, thuốc thú y, thức ăn chăn nuôi, thức ăn thủy sản, chế biến thực phẩm ngoài những nội dung kiểm tra trên, các cục thuế còn phải kiểm tra thêm nguồn gốc vật liệu, định mức tiêu hao nguyên vật liệu nhằm phát hiện việc gian lận, trốn thuế và về chất lượng sản phẩm hàng hóa"- Tổng cục Thuế nêu rõ.

Trong quá trình thanh, kiểm tra nếu phát hiện vi phạm về các quy định chất lượng sản xuất kinh doanh phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, thuốc thú y, thức ăn chăn nuôi, thức ăn thủy sản... thì cơ quan Thuế phải lập và chuyển hồ sơ cho các cơ quan chức năng có thẩm quyền giải quyết.

Tổng cục Thuế yêu cầu các cục thuế khi thực hiện thanh, kiểm tra phải đảm bảo đúng trình tự, thủ tục và quy định của pháp luật; xử lý kịp thời và nghiêm minh những hành vi vi phạm được phát hiện trong quá trình thanh tra.

Ngoài ra, các cục thuế phối hợp với Sở, ban ngành có liên quan rà soát các quy định nhằm phát hiện những bất cập, thiếu sót, chồng chéo để kiến nghị và đề xuất sửa đổi để hoàn thiện các văn bản quy phạm pháp luật quy định về quản lý sản xuất, kinh doanh, xuất nhập khẩu phân bón, thuốc bảo vệ thực vật... Duy trì thường xuyên việc phối hợp trao đổi thông tin người nộp thuế với cơ quan chức năng như: Xác minh thông tin Ngân hàng, Hải quan, xác minh từ cơ quan Thuế tỉnh ngoài về người nộp thuế có liên quan thuộc địa bàn quản lý... nhằm phát hiện kịp thời các dấu hiệu bất thường để ngăn chặn, kiểm tra có hiệu quả các hành vi sai phạm, gian lận thương mại, trốn thuế.